Paulo Baptista licenciou-se em 1990, em Engenharia Química, pela Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto. Em 1995, em colaboração com a Ohio State University (Estados Unidos),  obteve o doutoramento em  Biotecnologia pela Universidade Católica Portuguesa.
De 1995 a 1997 exerceu as funções de Director no Centro de Tecnologia Alimentar. Desde 1997 é consultor sénior na Sociedade Portuguesa de Inovação, onde coordena projectos nas áreas de inovação e transferência de tecnologia. Paulo Baptista é ainda auditor da APCER – Associação Portuguesa para a Certificação - e avaliador de projectos em programas de I&D da Comissão Europeia dirigidos a PME.